在校企合作方面，产业院着眼于加强和大型企业的实质性合作。目前，产业院正大力汇聚成果、资本等资源，侧重与重大转型需求的500强企业、核心城市潜力企业、产业升级垄断企业、资源整合上市公司等的合作，同时积极协调社会组织的丰富资源，整合策划项目合作，以期为专家教授们的成果工程化及产业化搭建平台支撑、提供专业服务，持续提升同济人全面服务社会的能力。

产业院成立以来，已推动学校联手多家央企及世界500强企业达成深度合作伙伴关系，其中包括中国交建、中国电建、中国铁建、中国石化、神华集团、绿地集团、中国中车股份有限公司等，目前校企合作伙伴队伍还在不断扩容。同时，多家企业也与同济大学签署相关合作协议，助推校企联合科研平台的建设，其中包括江苏康泰集团、绿城集团、佳兆业集团、新兴际华集团、中信银行等，未来校企合作将重点围绕企业转型发展需求，产业院也将与院系、团队密切合作，整合、协调、落实一批有影响力、有示范性的校企科研合作。除此之外，同济大学历年来与各大企业建立了深厚的合作基础，多家企业与学校成为长期合作伙伴，包括西门子中国、新奥集团等。